Mikrobiota jest jednym z kluczowych wskaźników zdrowia i dobrostanu zwierząt hodowlanych. Zróżnicowany mikrobiom wpływa na funkcjonowanie organizmu, w tym odporność, reakcje na stres i zachowanie. Jego skład różni się w poszczególnych odcinkach przewodu pokarmowego (np. jelito czcze, kręte, ślepe) oraz zmienia się wraz z wiekiem zwierzęcia. Prawidłowy mikrobiom odgrywa istotną rolę w utrzymaniu homeostazy i produkcyjności poprzez udział w metabolizmie składników odżywczych, modulację odpowiedzi immunologicznej oraz ochronę przed kolonizacją patogenami. W związku z tym mikrobiota stanowi obiecujący cel strategii poprawiających efektywność żywienia, rozród i odporność na choroby zakaźne.