Bakterie beztlenowe są składnikiem fizjologicznej mikroflory zwierząt i ludzi. Bytują w przewodzie pokarmowym, zasiedlają błony śluzowe jamy ustnej i górnych dróg oddechowych oraz układu moczowo-płciowego. Beztlenowe, Gram-dodatnie ziarenkowce i pałeczki kolonizują przede wszystkim skórę i powierzchnię błon śluzowych jamy ustnej, natomiast pałeczki Gram-ujemne – górne drogi oddechowe, układ pokarmowy i moczowo-płciowy. Drobnoustroje te są zarazkami oportunistycznymi, odpowiedzialnymi za zakażenia endogenne. W przypadku osłabienia miejscowej lub ogólnej odporności immunologicznej, niedotlenienia tkanek, przerwania ciągłości błon śluzowych albo skóry dochodzi do ich namnażania się i infekcji.