Menu
Skrót klawiszowy: /
Skrót klawiszowy: /

A genomic perspective on the potential of wild-type rumen bacterium Enterobacter sp. LU1 as an industrial platform for bio-based succinate production.

Opis bibliograficzny

A genomic perspective on the potential of wild-type rumen bacterium Enterobacter sp. LU1 as an industrial platform for bio-based succinate production. [AUT. KORESP.] HUBERT SZCZERBA, [AUT.] KAROLINA DUDZIAK, MARIUSZ KRAWCZYK, ZDZISŁAW TARGOŃSKI. Int. J. Mol. Sci. 2020 Vol. 21 Issue 14 Article 4835, il., bibliogr., sum. DOI: 10.3390/ijms21144835
Kliknij opis aby skopiować do schowka

Szczegóły publikacji

Źródło:
International Journal of Molecular Sciences 2020 Vol. 21 Issue 14, Article 4835
Rok: 2020
Język: Angielski
Charakter formalny: Artykuł w czasopismie
Typ MNiSW/MEiN: praca oryginalna

Streszczenia

Enterobacter sp. LU1, a wild-type bacterium originating from goat rumen, proved to be a potential succinic acid producer in previous studies. Here, the first complete genome of this strain was obtained and analyzed from a biotechnological perspective. A hybrid sequencing approach combining short (Illumina MiSeq) and long (ONT MinION) reads allowed us to obtain a single continuous chromosome 4,636,526 bp in size, with an average 55.6% GC content that lacked plasmids. A total of 4425 genes, including 4283 protein-coding genes, 25 ribosomal RNA (rRNA)-, 84 transfer RNA (tRNA)-, and 5 non-coding RNA (ncRNA)-encoding genes and 49 pseudogenes, were predicted. It has been shown that genes involved in transport and metabolism of carbohydrates and amino acids and the transcription process constitute the major group of genes, according to the Clusters of Orthologous Groups of proteins (COGs) database. The genetic ability of the LU1 strain to metabolize a wide range of industrially relevant carbon sources has been confirmed. The genome exploration indicated that Enterobacter sp. LU1 possesses all genes that encode the enzymes involved in the glycerol metabolism pathway. It has also been shown that succinate can be produced as an end product of fermentation via the reductive branch of the tricarboxylic acid cycle (TCA) and the glyoxylate pathway. The transport system involved in succinate excretion into the growth medium and the genes involved in the response to osmotic and oxidative stress have also been recognized. Furthermore, three intact prophage regions ~70.3 kb, ~20.9 kb, and ~49.8 kb in length, 45 genomic islands (GIs), and two clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) were recognized in the genome. Sequencing and genome analysis of Enterobacter sp. LU1 confirms many earlier results based on physiological experiments and provides insight into their genetic background. All of these findings illustrate that the LU1 strain has great potential to be an efficient platform for bio-based succinate production.

Open Access

Tryb dostępu: otwarte czasopismo Wersja tekstu: ostateczna wersja opublikowana Licencja: Creative Commons - Uznanie Autorstwa (CC-BY) Czas udostępnienia: w momencie opublikowania

Identyfikatory

BPP ID: (46, 47322) wydawnictwo ciągłe #47322

Metryki

140,00
Punkty MNiSW/MEiN
5,924
Impact Factor

Eksport cytowania

Wsparcie dla menedżerów bibliografii:
Ta strona wspiera automatyczny import do Zotero, Mendeley i EndNote. Użytkownicy z zainstalowanym rozszerzeniem przeglądarki mogą zapisać tę publikację jednym kliknięciem - ikona pojawi się automatycznie w pasku narzędzi przeglądarki.

Informacje dodatkowe

Rekord utworzony:13 października 2020 14:12
Ostatnia aktualizacja:1 stycznia 2023 23:11

Informacja o ciasteczkach (tych internetowych, nie tych słodkich i chrupiących...)

Ta strona wykorzystuje pliki cookie do poprawy funkcjonalności i analizy ruchu. Możesz zaakceptować wszystkie pliki cookie lub zarządzać swoimi preferencjami prywatności. Nawet, jeżeli nie zgodzisz się na używanie plików cookie na tej stronie, to informację o tym musimy zapamiętać w formie... pliku cookie, zatem jeżeli chcesz zadbać o swoją prywatność w pełni, zapoznaj się z informacjami, jak zupełnie wyłączyć możliwości śledzenia Ciebie w internecie.

✓ Zgadzam się ✗ Nie zgadzam się