Metagenomika to dziedzina badająca dane genomowe mikroorganizmów przy uży- ciu wysokoprzepustowego sekwencjonowania, co pozwala na analizę zbiorczego genomu drobnoustrojów zasiedlających dany mikrobiom [Zhang i in. 2021, Nam i in. 2023]. Zastosowania metagenomiki odgrywają kluczową rolę w transformacji współcze- snej diagnostyki bezpieczeństwa żywności. Implementacja analiz metagenomowych umożliwia bezpośrednią identyfikację drobnoustrojów zarówno w pojedynczych prób- kach żywności, jej składnikach, jak i w próbkach środowiskowych, co znacząco zwiększa precyzję i skuteczność monitorowania zagrożeń mikrobiologicznych [Billington i in. 2022]. Celem pracy było porównanie metod sekwencjonowania DNA w kontekście analiz metagenomicznych.